马耀南1902年出生在山东省长山县北旺庄(今淄博市经济开发区北郊镇北旺村)。学生时代积极投身反帝爱国运动,与进步同学一起组织反日会,到街头、农村宣传抗日救国,抵制日货。
1933年,马耀南任长山中学校长,秉持教育救国的理念。卢沟桥事变爆发后,他下定决心投入到抗战的洪流中。鉴于马耀南的抗日热忱,中共山东省委在制定抗日武装起义计划时,将长山中学作为重要的据点,在该校成立了党小组,直属省委领导,一批中共党员在该校担任教员,培养训练抗日干部。马耀南以教学改革的名义对课程进行调整,大量充实抗战救国的内容。又以办民众夜校的名义开办游击干部训练班,由共产党人讲授军事、政治课。
1937年12月,马耀南参加黑铁山武装抗日起义,成立清河平原上中国共产党领导下的第一支抗日武装。在他的争取下,长山县保安大队也参加了起义部队。1938年6月起义部队编为八路军山东人民抗日游击第3支队(后改称八路军山东纵队第3支队),马耀南任司令员。同年10月加入中国共产党。他率部与日军多次作战,围攻周村、破坏胶济路、坚守邹平城、激战刘家井子,重创敌人。
1939年7月22日,马耀南在桓台牛王庄战斗中遭敌伏击,壮烈殉国,时年37岁。在他的教育影响下,他的两个弟弟马晓云和马天民也参加了八路军,并在抗战中先后为国捐躯。